Xu hướng của cơ cấu tổ chức quản trị theo chức năng là:

Nhấn mạnh tới chất lượng đứng trên quan điểm kỹ thuật

Nhấn mạnh sự mềm dẻo và sự đáp ứng đối với các nhu cầu của các đơn vị quan trọng

Chậm về chất lượng kỹ thuật của sản phẩm và dịch vụ khi so sánh với đối thủ cạnh tranh theo cơ cấu sản phẩm

Khó phối hợp giữa các phân khoa, đặc biệt khi các bộ phận của cơ cấu phải làm việc chặt chẽ hoặc bán sản phẩm cho nhau