Xác định tác nhân gây bệnh để chọn kháng sinh chủ yếu dựa vào:

Kết quả nhuộm gram (dịch não tuỷ hoặc đàm)

Kết quả xét nghiệm phát hiện kháng nguyên trực tiếp (như trong viêm màng não)

Kết quả nuôi cấy và kháng sinh đồ trước khi sử dụng kháng sinh

Chẩn đoán lâm sàng