Trong phát triển kinh tế, vùng Đông Nam Bộ đang phải đối mặt với hạn chế về tự nhiên là

cát lấn, cát bay và hoang mạc hoá.

thiếu nước nghiêm trọng vào đầu mùa hạ.

ô nhiễm môi trường, đặc biệt là môi trường nước.

ngập lụt trên diện rộng vào thời kì mùa mưa.