Trong công nghệ DNA tái tổ hợp, các enzyme cắt giới hạn là công cụ rất hữu hiệu nhờ khả năng cắt DNA tại trình tự nhận biết đặc hiệu.

Trong công nghệ DNA tái tổ hợp, các enzyme cắt giới hạn là công cụ rất hữu hiệu nhờ khả năng cắt DNA tại trình tự nhận biết đặc hiệu. Hình dưới đây mô tả một đoạn DNA dài 21 kb (1kb = 1000 cặp nucleotide) của một loại virus gây bệnh ở người có chứa các điểm cắt của 3 enzyme A, B, C và một plasmid X có chứa 2 điểm cắt của enzyme C và A rất gần nhau . Khi cắt đoạn DNA của virus bằng tổ hợp 2 enzyme A và C thu được các đoạn DNA có kích thước 3, 5, 6 và 7kb. Biết các phản ứng cắt xảy ra hoàn toàn. Người ta cắt DNA virus, đồng thời cắt mở vòng plasmid X bằng cùng enzyme C. Sau đó, gắn đoạn DNA virus đã cắt vào plasmid X bằng enzyme ligase thành công, tạo plasmid Y. Plasmid Y được cắt kiểm tra bằng các enzyme A, B một cách độc lập.