The boys that they had broken the window, but I’m sure they did.

Đáp án B.
Tạm dịch: Những cậu bé phù nhận làm vỡ cửa sổ nhưng tôi chắc là chúng đã.
A. refused + to V: từ chối, khước từ, cự tuyệt làm gì
B. denied + V-ing hoặc denied + that + mệnh đề: phủ nhận không làm gì
C. object + to + V-ing: phản đối, chống, chống đối
D. reject + N: loại ra, bỏ ra; đánh hỏng
Để phù hợp ngữ nghĩa và cấu trúc thì đáp án B là hợp lý nhất.