Thách thức chủ yếu trong phát triển nông nghiệp công nghệ cao ở Đồng bằng sông Cửu Long là

Thiếu vốn đầu tư và nhân lực chất lượng cao.

Địa hình chia cắt, tác động của biến đổi khí hậu.

Giao thông hạn chế, mùa khô sâu sắc kéo dài.

Công nghiệp chế biến hạn chế, thị trường hẹp.