Sự khác biệt chủ yếu giữa kiểm soát chung (general controls) và kiểm soát ứng dụng (application controls) nằm ở:

Kiểm soát chung cần có yêu cầu phân quyền cho người sử dụng trong khi kiểm soát ứng dụng không cần điều này bởi các ứng dụng có cơ chế hoạt động riêng.

Kiểm soát chung là kiểm soát cho một số hay toàn bộ các ứng dụng của một hệ thống trong khi kiểm soát ứng dụng liên quan đến từng ứng dụng cụ thể.

Kiểm soát chung thường không có ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp đến kiểm soát ứng dụng trong khi kiểm soát ứng dụng luôn có tác động trực tiếp đến cơ chế kiểm soát chung.

Kiểm soát chung thường dùng trong các hệ thống lớn như ERP trong khi kiểm soát ứng dụng thường xuất hiện ở các phần mềm mang quy mô nhỏ hơn.