Phương pháp được sữ dụng nhiều nhất trong công tác chẩn đoán bệnh vi sinh vật

Phương pháp sinh học phân tử với độ nhạy và độ đặc hiệu cao

Phương pháp vi sinh học cổ điển như nuôi cấy, nhuộm soi.

Phương pháp miễn dịch phát hiện kháng nguyên, kháng thể đặc hiệu

Tất cả các phương pháp trên tuỳ theo loại bệnh lí, giai đoạn bệnh, trang thiết bị hiện có