Nhược điểm của nuôi trồng thuỷ sản bán thâm canh là

vốn đầu tư lớn, rủi ro cao nếu người nuôi không nắm vững kiến thức.

chưa áp dụng công nghệ cao nên năng suất chưa phải là cao nhất.

năng suất và sản lượng thấp; quản lí và vận hành khó khăn.

Thuỷ sản sinh trưởng và phát triển kém.