Một trong những nhược điểm của phương pháp nghiên cứu thuần tập là:

Khó đo lường hết sai số

Tài liệu, hồ sơ cần thiết không hòan chỉnh

Đối tượng bị quên (phơi nhiễm với các yếu tố khác...)

Dễ có sự biến động trong các đối tượng nghiên cứu: bỏ, từ chối, thêm vào