Một trong những nhược điểm của phương pháp nghiên cứu thuần tập là

Khó đo lường hết sai số;

Tài liệu, hồ sơ cần thiết không hòan chỉnh;

Đối tượng bị quên (phơi nhiễm với các yếu tố khác...);

Dễ có sự biến động trong các đối tượng nghiên cứu: bỏ, từ chối, thêm vào;