Một đầm nước nông nuôi cá có ba bậc dinh dưỡng: vi khuẩn lam và tảo (bậc 1); động vật phù du (bậc 2); tôm, cá nhỏ (bậc 3).

Để hệ sinh thái đầm không bị ô nhiễm nặng hơn cần: Đánh bắt bớt tôm và cá nhỏ hoặc thả thêm vào đầm một số cá dữ (bậc 4) ăn tôm và cá nhỏ nhằm tạo điều kiện cho động vật phù du phát triển mạnh hơn để ăn vi khẩn lam và các loài tảo, ngăn chặn sự phát triển quá mức của tảo và vi khuẩn lam trong đầm. Ngoài ra có thể hạn chế nguồn thức ăn của vi khuẩn lam và tảo bằng cách tháo nước, nạo vét bùn ở đầm để loại bớt các chất gây ô nhiễm.