Khó khăn lớn nhất trong việc khai thác thuỷ điện ở nước ta là:

sự phân mùa của khí hậu làm lượng nước không đều.

sông ngòi của nước ta có lưu lượng nhỏ.

miền núi và trung du cơ sở hạ tầng còn yếu.

sông ngòi ngắn dốc, tiềm năng thuỷ điện thấp.