Khó khăn chủ yếu trong nuôi trồng thủy sản nước ngọt ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long hiện nay là

xâm nhập mặn vào mùa khô, thị trường biến động, dịch bệnh.

diện tích mặt nước giảm, hạn hán kéo dài, thiếu cơ sở chế biến.

mùa khô kéo dài, giống năng suất thấp, chất lượng sản phẩm thấp.

ngập lụt kéo dài, triều cường xâm lấn, thiếu lao động trình độ cao.