Khó khăn chủ yếu trong nuôi trồng thủy sản nước ngọt ở Đồng bằng sông Cửu Long hiện nay là

lũ lụt kéo dài, bão hoạt động mạnh, thiếu lao động có tay nghề.

thiếu nước trong mùa khô, lũ lụt kéo dài, giống năng suất thấp.

diện tích mặt nước giảm, hạn hán kéo dài, thiếu cơ sở chế biến.

xâm nhập mặn vào mùa khô, thị trường biến động, dịch bệnh.