Glucagon có các tác dụng sau đây lên chuyển hoá lipid, trừ:

Ức chế tổng hợp triglycerid ở gan.

Tăng phân giải lipid ở mô mỡ dự trữ.

Ức chế vận chuyển acid béo từ máu vào gan.

Giảm cung cấp acid béo cho các mô để tạo năng lượng.