Dựa theo nguồn gốc hình thành, hệ sinh thái được chia thành 2 nhóm lớn là:

Các hệ sinh thái dưới nước và các hệ sinh thái trên cạn.

Các hệ sinh thái rừng nhiệt đới và các hệ sinh thái hoang mạc.

Hệ sinh thái ao hồ và hệ sinh thái ngoài khơi.

Các hệ sinh thái tự nhiên và các hệ sinh thái nhân tạo.