Đối với quá trình tiến hoá, đột biến gen có vai trò quan trọng hơn đối biến NST. Nguyên nhân là vì:

Đa số đột biến gen đều là lặn và phổ biến hơn đột biến NST.

Đa số đột biến gen là có lợi hoặc trung tính còn đột biến NST thì có hại.

Đột biến gen xảy ra ở cấp phân tử còn đột biến NST xảy ra ở cấp tế bào.

Đột biến gen là những đột biến nhỏ còn đột biến NST là đột biến lớn.