Điểm khác nhau về chức năng giữa gene cấu trúc và gene điều hòa là:

Gene cấu trúc mã hóa protein; gene điều hòa kiểm soát quá trình biểu hiện gene khác.

Gene cấu trúc kiểm soát quá trình sao chép; gene điều hòa mã hóa các phân tử protein.

Gene cấu trúc mã hóa RNA; gene điều hòa chỉ mã hóa các phân tử protein chức năng.

Gene cấu trúc mã hóa lipid; gene điều hòa mã hóa các phân tử nucleic acid trong nhân.