Cơ sở khoa học của việc sử dụng vi sinh vật để sản xuất phân bón sinh học là

một số vi sinh vật có khả năng sinh trưởng nhanh giúp tăng sinh khối cho cây trồng.

một số vi sinh vật có khả năng tiết chất độc diệt sâu, côn trùng gây hại cho cây trồng.

một số vi sinh vật có khả năng tiết hoặc chuyển hóa các chất có lợi cho cây trồng.

một số vi sinh vật có khả năng tiết enzyme giúp tăng tốc độ sinh sản cho cây trồng.