Cơ quan thoái hóa cũng là cơ quan tương đồng nhưng khác ở điểm:

Cơ quan thoái hóa không còn thực hiện chức năng hoặc bị tiêu giảm.

Cơ quan thoái hóa tiêu giảm hoàn toàn trên cơ thể sinh vật

Cơ quan thoái hóa có thể thực hiện nhiều chức năng khác nhau.

Cơ quan thoái hóa là bằng chứng trực tiếp phản ánh sự tiến hóa của sinh giới.