Chỉ định nội soi kèm sinh thiết một cách hệ thống niêm mạc bình thường về đại thể nhắm mục đích:

phân biệt giữa hội chứng ruột kích thích với viêm đại tràng vi thể

chẩn đoán u lympho đường tiêu hóa

chẩn đoán lao ruột

chẩn đoán viêm dại tràng do amip