Các nhân tố tự nhiên chủ yếu tác động đến chuyển dịch cơ cấu cây trồng hiện nay ở Đồng bằng sông Cửu Long là

sạt lở bờ biển, nước biển dâng, bề mặt sụt lún.

đất phèn rộng, mùa khô rõ rệt, hạn mặn nhiều.

xâm nhập mặn rộng, hạn hán, thiếu nước ngọt.

lũ thất thường, bờ sông sạt lở, ít phù sa bồi đắp.