Bằng chứng phôi sinh học so sánh dựa vào các điểm giống nhau và khác nhau giữa các loài về:

Cấu tạo pôlipeptit hoặc pôlinuclêôtit.

Sinh học và biến cố địa chất.

Cấu tạo trong của các nội quan.

Các giai đoạn phát triển phôi thai.