Vi khuẩn có thể đề kháng kháng sinh theo các cơ chế sau ngoại trừ:

Ức chế chuyển hóa acid nucleic của nhân tế bào

Thay đổi khả năng thấm qua màng tế bào của thuốc

Sản sinh ra enzym phá hủy cấu trúc của thuốc

Phát triển quá trình chuyển hóa qua một ngả khác