Ưu điểm nổi bật của phương pháp chọn giống bằng nuôi cấy hạt phấn hoặc noãn chưa thụ tinh là:

tạo được các cây có đặc điểm di truyền rất ổn định.

tạo giống chất lượng bảo tồn nguồn gen quý.

tạo dòng biến dị xôma, lai tạo những giống cây trồng mới.

tạo giống cây quý, bảo tồn nguồn gen không bị tuyệt chủng.