Ứng dụng công nghệ sinh học trong xử lí vi sinh vật gây hại là

tuyển chọn và nhân giống các chủng vi khuẩn an toàn với thuỷ sản, đồng thời có khả năng phân giải các chất hữu cơ trong nước.

tuyển chọn và nhân giống các chủng vi sinh vật có khả năng phân giải khí độc có trong môi trường nuôi thuỷ sản.

tuyển chọn và nhân giống các vi sinh vật có lợi, có khả năng đối kháng với vi sinh vật gây bệnh trong môi trường thuỷ sản.

sử dụng các hoá chất thân thiện với môi trường để xử lí các vấn đề về vi sinh vật gây hại trong nước.