Trung tâm y tế huyện là cơ quan chuyên môn chịu sự chỉ đạo của:

Bộ y tế

Sở y tế và ủy ban nhân dân huyện

Uỷ ban nhân dân huyện và phòng y tế huyện

Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh