Trung tâm y tế huyện là cơ quan chuyên môn chịu sự chỉ đạo của

Sở Y tế và Ủy ban nhân dân huyện

Ủy ban nhân dân huyện và Phòng Y tế huyện

Bộ Y tế

Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh