Trung tâm Y tế dự phòng Huyện chịu sự quản lý toàn diện của:

Cục trưởng Cục Quản lý Dược

Bộ trưởng Bộ Y tế

Giám đốc Sở Y tế

Chủ tịch Ủy ban nhân dân Huyện