Trong quần thể tự phối, thành phần kiểu gen của quần thể có xu hướng:

tăng tỉ lệ thể dị hợp, giảm tỉ lệ thể đồng hợp

duy trì tỉ lệ số cá thể ở trạng thái dị hợp tử

phân hoá đa dạng và phong phú về kiểu gen

phân hóa thành các dòng thuần có kiểu gen khác nhau