Trở ngại lớn nhất cho việc sử dụng và cải tạo tự nhiên ở Đồng bằng sống Cửu Long là

Độ cao địa hình thấp nên thường xuyên chịu tác động xâm nhập mặn của thủy triều.

Đất thiếu dinh dưỡng hoặc quá chặt, khó thoát nước.

Phần lớn diện tích là đất phèn, đất mặn lại có mùa khô sâu sắc.

Mạng lưới sông ngòi, kênh rạch chằng chịt gây trở ngại cho việc tiến hành cơ giới hóa.