Tính đặc hiệu của kháng nguyên được quy định bởi:

toàn bộ phân tử kháng nguyên

các nhóm chức hóa học trong phân tử kháng nguyên

các quyết định kháng nguyên

kích thước phân tử kháng nguyên

sự nhận diện của các tế bào miễn dịch cơ thể túc chủ