Tính đặc hiệu của kháng nguyên chủ yếu do:

Kháng nguyên nào thì chỉ kết hợp đặc hiệu với kháng thể tương ứng do nó tạo ra

Do thụ thể TCR của lympho T và thụ thể BCR của lympho B

Do epitop trên kháng nguyên tương ứng với paratop đặc hiệu trên kháng thể

Tính đặc hiệu của kháng nguyên là nghiêm ngặt