Thuật toán Apriori có nhược điểm chính là:

Tốn nhiều bộ nhớ và thời gian. Không thích hợp với các mẫu lớn. Chi phí để duyệt CSDL nhiều.

Không tìm được các tập thường xuyên

Kết quả của thuật toán không ứng dụng được trong các bài toán thực tế

Thuật toán quá phức tạp, khó hiểu