Theo Luật tổ chức chính quyền địa phương năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2019, cơ quan chuyên môn thuộc UBND thành phố trực thuộc Trung ương gồm:

Các sở thuộc UBND thành phố trực thuộc Trung ương

Các sở và đơn vị thuộc sở của UBND thành phố trực thuộc Trung ương

Các sở và cơ quan tương đương sở thuộc UBND thành phố trực thuộc Trung ương

Các sở, các đơn vị thuộc sở và cơ quan tương đương sở thuộc UBND thành phố trực thuộc Trung ương