Sự khác nhau về phương pháp hoạt động giữa Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh thể hiện rõ ở

Phan Bội Châu chỉ hoạt động văn hóa, Phan Châu Trinh chỉ hoạt động quân sự

Phan Bội Châu chú trọng nghị trường, Phan Châu Trinh chú trọng cầu viện Nhật Bản

Phan Bội Châu chủ trương dựa vào Pháp, Phan Châu Trinh chủ trương dựa vào Nhật

Phan Bội Châu thiên về bạo động, Phan Châu Trinh thiên về cải cách kinh tế, văn hóa, xã hội