Sự khác biệt cơ bản giữa mô hình Rutherford – Bohr và mô hình hiện đại về nguyên tử là

Electron được phân bố vào các lớp (mô hình Rutherford – Bohr) và electron chuyển động tập trung tại một góc gần hạt nhân (mô hình hiện đại).

Electron chuyển động bị hút vào hạt nhân (mô hình Rutherford – Bohr) và electron chuyển động không thể bị hút vào hạt nhân (mô hình hiện đại).

Electron chuyển động rất nhanh (mô hình Rutherford – Bohr) và electron chuyển động rất chậm (mô hình hiện đại).

Electron chuyển động theo quỹ đạo giống như các hành tinh quay xung quanh Mặt Trời (mô hình Rutherford – Bohr) và electron chuyển động không theo quỹ đạo cố định (mô hình hiện đại).