Sinh bệnh học của virus viêm não Nhật Bản là, trừ một

Lúc đầu nó sao chép tại hạch lympho nơi muỗi cắn.

Lan truyền qua máu đến hệ thần kinh.

Liên quan đến một số chất dẫn truyền thần kinh.

Virus không có ái lực với mô thần kinh.