Phương pháp khoa học, thường được áp dụng rộng rãi nhất trong thiết kế cơ cấu tổ chức:

Phương pháp chuyên gia.

Phương pháp phân tích theo yếu tố.

Phương pháp tương tự.

Phương pháp mô hình hóa.