Phân lập là khâu quan trọng trong quá trình nghiên cứu vi sinh vật vì phương pháp này giúp

tách riêng từng loài vi sinh vật từ hỗn hợp nhiều loài vi sinh vật.

xác định mối quan hệ họ hàng giữa các loài vi sinh vật.

quan sát rõ hơn hình dạng và cấu tạo tế bào của các loài vi sinh vật.

theo dõi các quá trình tổng hợp sinh học bên trong tế bào ở mức độ phân tử.