Nhược điểm lớn nhất của hình thức tổ chức theo ma trận là:

Không cân đối được nguồn lực vì phải san sẻ giữa các dự án khác nhau.

Xuất hiện các ý muốn kéo dài dự án.

Không ưu tiên cho kết quả cuối cùng của dự án.

Tranh chấp quyền lực giữa nhà quản trị chức năng (FM) và nhà quản trị dự án (PM).