Nhược điểm lớn nhất của của hình thức tổ chức theo ma trận:

Không cân đối được nguồn lực vì phải san sẻ giữa các dự án khác nhau

Xuất hiện các ý muốn kéo dài dự án

Không ưu tiên cho kết quả cuối cùng của dự án

Tranh chấp quyền lực giữa nhà quản trị chức năng (FM) và nhà quản trị DA (PM)