Nhược điểm của việc sử dụng vi sóng hỗ trợ cho các phản ứng tổng hợp hữu cơ:

Các phản ứng dưới sự hỗ trợ của vi sóng gặp khó khăn trong quá trình scale-up

Vi sóng hạn chế tốc độ gia nhiệt

Vi sóng làm quá trình phân bố nhiệt độ không đồng đều trong hệ phản ứng