Những tồn tại và thách thức của Công nghiệp dược và công nghiệp nguyên liệu là, ngoại trừ

Chưa đầu tư thỏa đáng cho nghiên cứu, phát triển (R&D)

sự mất cân bằng trong phân bố các nhà máy sản xuất dược phẩm (tập trung ở vùng đồng bằng vùng kinh tế lớn)

các doanh nghiệp đầu tư còn trùng lắp, chủ yếu sản xuất các loại thuốc generic (dược phẩm hết thời hạn bảo hộ độc quyền)

Đã sản xuất được số lượng lớn các thuốc có dạng bào chế phức tạp, hàm lượng khoa học cao như phóng thích hoặt chất có kiểm soát, thuốc ngấm qua da