Nguyên nhân của hiện tượng thoái hóa giống là:

Tăng tính chất đồng hợp, giảm tính chất dị hợp của các cặp alen của các thế hệ sau

Tỉ lệ thể dị hợp trong quần thể giảm, tỉ lệ thể đồng hợp tử tăng trong đó các gen lặn gây hại biểu hiện ra kiểu hình

Duy trì tỉ lệ KG dị hợp tử ở các thế hệ sau

Có sự phân tính ở thế hệ sau