Nguyên nhân chủ yếu làm cho giao thông đường biển có vị trí đặc biệt quan trọng đối với Nhật Bản là

hoạt động dịch vụ - du lịch rất phát triển

đất nước quần đảo, có hàng nghìn đảo

hoạt động thương mại phát triển

đường bờ biển dài, nhiều vịnh biển sâu