Nếu cho các giống cây trồng tự thụ phấn qua nhiều thế hệ dễ dẫn tới hiện tượng thoái hóa giống vì

tự thụ phấn làm tăng tỉ lệ các kiểu gene đồng hợp trong đó có đồng hợp lặn thường mang các đặc điểm xấu, làm giảm năng suất và phẩm chất trung bình của quần thể.

tự thụ phấn làm tăng tỉ lệ các kiểu gene đồng hợp, các kiểu gene đồng hợp luôn mang kiểu hình xấu, làm thoái hóa giống.

tự thụ phấn làm xuất hiện nhiều kiểu gene dị hợp với đặc điểm xấu, không mong muốn, làm thoái hóa giống.

tự thụ phấn dẫn tới tỉ lệ kiểu gene đồng hợp giảm, tỉ lệ kiểu gene dị hợp tăng, mất đi tính thuần chủng của giống và làm thoái hóa giống.