Năm 2000, Trần Đình Hượu vinh dự được nhận giải thưởng:

Giải thưởng Hồ Chí Minh về văn học và nghệ thuật

Giải thưởng Hồ Chí Minh về khoa học và công nghệ

Giải thưởng Nhà nước về khoa học và công nghệ

Giải thưởng Hội nhà văn Việt Nam