Mục đích chủ yếu của việc chuyển đổi cơ cấu thủy sản ở Đồng bằng sông Cửu Long là

bảo vệ rừng, phá thế độc canh, thúc đẩy công nghiệp chế biến.

đẩy mạnh hoạt động dịch vụ, cải tạo đất, chống biến đổi khí hậu.

tạo nhiều việc làm, tăng vị thế của vùng, sử dụng hợp lý tự nhiên.

tạo sản phẩm hàng hóa, đáp ứng thị trường, phát huy các thế mạnh.